Las plazas fronterizas han atravesado numerosas vicisitudes bélicas a lo largo del tiempo.
A principios del siglo XVIII, conocido como el siglo de las luces y del padre Feijoo, Badajoz sufrió asedios menores por parte del ejército aliado – inglés y portugués – durante la guerra de Sucesión. En ese período, España, bajo la defensa de Luis XIV, sostenía los derechos al trono de Felipe V, quien había sido proclamado rey. El mando militar de la plaza estaba a cargo del príncipe T’Serclaes de Tilly, ancestro del marqués de Jerez de los Caballeros, notable bibliógrafo y mecenas literario.
En esos tiempos, circulaban numerosos rumores y delaciones entre los vecinos. Tilly, presa del temor, cometió el error de prestarles oído, causando perjuicios a personas de renombre. Su sucesor, el marqués de Bay, erradicó tales difamaciones, castigando a los calumniadores. Durante esta época, don Juan Marín de Rodezno, perteneciente a una ilustre familia riojana, era el obispo de la diócesis pacense (1681-1706). De carácter afable y enérgico, era caritativo con las religiosas pobres y severo con los malhechores. Don Juan Marín participó activamente en los asuntos de la diócesis.
En 1682, una epidemia procedente de Andalucía afectó a Puebla de Alcocer y se organizaron nueve días de letanía en el claustro. También se inició un pleito por una canonjía vacante tras la muerte del penitenciario don Juan Solano de Figueroa, autor de la Historia Eclesiástica de la ciudad.
El año de 1683 fue extremadamente seco en Badajoz, lo que llevó a numerosas procesiones y rogativas.
1684 fue conocido como año de muchas aguas y se realizaron funciones religiosas en señal de agradecimiento.
En 1689, tras el fallecimiento de la reina María Luisa de Orleans, se organizan honras y exequias en su memoria y se ofrecieron doscientas fanegas de cebada para la guerra contra el turco.
También en 1689 un rayo causó un incendio en los almacenes reales del castillo, lo que obligó al obispo a trasladarse a la calle de Moreno Nieto. Enfrente se construyeron caballerizas, cocheras y graneros y se autorizó el cierre de la calleja que comunicaba la calle del Obispo con la calle Larga.
El conde de Montijo, marqués de la Algaba y capitán general en 1692, continuó la construcción de la muralla nueva y completó la puerta que sustituyó a la de Santa Marina, dedicándola a Nuestra Señora del Pilar de Zaragoza, imagen que aún perdura en la capilla. También se renovó la Catedral, con nuevas losas, capilla mayor, presbiterio y sacristías, y se construyó un panteón bajo el coro para prelados y prebendados.
El 24 de enero de 1704, el rey anunció su salida a campaña y el Cabildo de Badajoz prepara una recepción en Mérida, con jamones de Montánchez, mermeladas, vino, naranjas chinas, pollos y gallinas. Sin embargo, el rey pasó a Plasencia y entró en Portugal.
El general Tilly, con 8,000 infantes y 2,000 caballos, cruza hacia Arronches y, aunque no realizó mayores hostilidades, los vecinos de Campomayor aprovecharon para robar ganado. Los militares y paisanos de Badajoz repelieron el ataque, causando más de cien bajas enemigas.
En 1705 el ejército portugués acampó cerca de la ciudad pero no logró tomar la plaza.
En 1706, falleció el obispo don Juan Marín de Rodezno, dejando un profundo pesar en Badajoz y especialmente en su Iglesia, donde se le recordaba como un padre, pastor y amigo, además de benefactor.