Los barcos turcos y los piratas atacaban a los barcos cristianos y saqueaban las costas. Entre ambas flotas los enfrentamientos no parecían decantarse hacia ningún lado; y el desastre de Yerba (1560) supuso una victoria turca, seguida de la victoria cristiana de 1565 que derrotó la escuadra del sultán en Malta, Solimán I el Magnífico.
En enero de 1570 el virrey de Argel destronó al emir de Túnez, que era aliado de España; y en marzo Selim II, el sultán, lanzó un ultimátum a la república de Venecia desembarcando en Chipre que era entonces una posesión veneciana.
Venecia pide ayuda cristiana, que solicita a las potencias cristianas, aunque solamente el Papa Pío V responde y además consigue convencer a España para que ayude, se forma entonces una armada para llevar a efecto el enfrentamiento contra los turcos, armada que se reunirá en el puerto de Suda, Isla de Candia, en Creta.
Venecia contaba 11 galeazas, 136 galeras y 14 naves, al mando estaba Antonio de Canale, Jerónimo Zanne y Jacobo Celso. El papado aportó 12 galeras al mando de las cuales estuvo Marco Antonio Colonna. En España reina el emperador Felipe II que puso a Juan Andrea Doria al frente de 50 galeras, éste debía ponerse a las órdenes de Colonna.
En total las fuerzas armadas sumaban 11 galeazas, 198 galeras y 14 naves; la artillería estaba compuesta por 1300 cañones y 48.000 hombres formaban el ejército, de los que sólo son gente de guerra 16.000.
Mientras se ponen de acuerdo los generales cristianos se ponen de acuerdo en la forma proceder, el 9 de septiembre toman Nicosia los turcos.
Al ver que no se llega a un acuerdo entre las fuerzas cristianas, Juan Andrea Doria decide regresar a Sicilia el día 5 de octubre; y en su regreso a sus bases sufren un temporal las fuerzas venecianas y pontificias perdiendo 14 galeras venecianas. De esta pérdica tanto Venecia como el Papa culpan al almirante español, pero el motivo que movió a Juan Andrea Doria a no emprender el ataque contra los turcos, superiores militarmente, se basaban en el mal estado en que se encontraban las dotaciones y el armamento de las galeras venecianas.
Pío V reunió a españoles y venecianos, ante el fracaso de la expedición, para tratar de tomar adecuadas y efectivas medidas contra la expansión de los turcos por el Mediterráneo. Estas negociaciones se retrasarían casi un año por la disparidad de proyectos e intereses de venecianos y españoles. Perp al fin, el día 25 de mayo del año de 1571, España, Estados Pontificios, Malta y Venecia firmaron las capitulaciones para formar la Liga Santa. Felipe II se comprometía a contribuir con la mitad de todos los soldados y a poner el dinero, a Pío V contribuir con 1/6 y a Venecia con 2/6.
Estandarte de la Liga Santa.
Ahora la flota se componía de 134 barcos venecianosde los que 6 eran galeazas, 106 eran galeras, dos eran naves y 20 eran fragatas; 164 barcos españoles de los que 90 eran galeras, 24 eran naves y 50 eran fragatas y bergantines; el papado aporta 18 barcos de los que 12 eran galeras y 6 eran fragatas; más las 9 galeras de Malta.
Los soldados españoles eran en total 20.000; el ejército del Papa eran 2.000 soldados; los venecianos fueron 8.000 soldados; más unos cuantos Caballeros de la Orden de Malta.
Al frente de la flota estaba Juan de Austria; el almirante del papa era Marco Antonio Colonna, condestable de Nápoles y también vasallo de España; y al frente de las naves venecianas estaba Sebastián Veniero.
Descripción del Marqués de Lozoya de la Batalla de Lepanto:
"Durante dos horas se peleó con ardor por ambas partes, y por dos veces fueron rechazados los españoles del puente de la galera real turca; pero en una tercera embestida aniquilaron a los jenízaros que la defendían y, herido el almirante de un arcabuzazo, un remero cristiano le cortó la cabeza. Al izarse un pabellón cristiano en la galera turca arreciaron el ataque las naves cristianas contra las capitanas turcas que no se rendían; pero al fin la flota central turca fue aniquilada".
En realidad la Batalla de Lepanto empieza cuando el 29 de agosto, llegó a Mesina el obispo Odescalco que dio la bendición en nombre del Papa y concede indulgencias de cruzada más jubileo extraordinario para toda la armada. Juan de Austria ordena el 15 de septiembre la salida de la flota. Fondea en Corfú mientras que una flotilla que dirigía Gil de Andrade se encargó de explorar la zona.
El día 7 de octubre, al alba, las flotas cristiana y turca estaban en el Golfo de Lepanto y es allí donde -como dice Cervantes- «comenzó la más memorable y alta ocasión que vieron los pasados siglos, ni esperan ver los venideros».
La Batalla de Lepanto.
Miguel de Cervantes iba en la Galera Marquesa, tenía 24 años; y, con valentía, siguió luchando después de haber sido herido en el pecho y también en el brazo izquierdo, que nunca recuperaría y que le quedaría inútil.
La victoria cristianasería total pero se perdieron 12 galeras cristianas y 7.600 hombres, 2.000 españoles, 880 del Estado Pontificio y el resto venecianos.
Se apresaron 190 galeras turcas de las que sólo 130 estaban útiles, el resto se quemó; se hicieron 5.000 prisioneros y, a la vez, se liberaron 12.000 cautivos cristianos a manos de los musulmanes. Las bajas totales enemigas fueron estimadas entre 20.000 y 30.000 como muertos en la batalla.